认证企业标准分为高级认证企业标准和一般认证企业标准，每类标准均包括通用认证标准和根据企业经营类别不同而制定的单项认证标准（含进出口货物收发货人、报关企业、外贸综合服务企业单项标准），具体包括内部控制、财务状况、守法规范、贸易安全4大类标准。

认证企业应当同时符合通用认证标准和与其实际情况相符的相应经营类别的单项认证标准。例如，进出口货物收发货人应当同时符合通用标准和单项标准中的进出口货物收发货人相应标准才能通过相应类别的认证。

认证标准的通过条件除延续原标准要求的所有赋分标准项均没有不达标（-2分）情形以及认证标准总分在95分（含本数）以上外，还增加了内部控制、贸易安全两类标准中没有单一标准项基本达标（-1分）超过3项的情形。同时，取消了规范改进，认证过程中企业不能借助规范改进达标。

在具体标准内容上，按照“形成海关统一的企业信用管理制度”的原则，结合企业管理关检业务融合实际需要，新认证标准中纳入了检验检疫标准，主要是在单证控制、单证保管、企业守法、管理要求等项中增加了检验检疫要求，同时新增了质量管理等单独项。

高级认证—通用标准 

“企业守法”标准新旧对比

高级认证“管理要求”标准

其中一般认证企业标准与原标准最大不同是增加了信息系统和数据管理两项标准。

一般认证—通用标准

新标准在财务状况标准方面也作出了调整。一是新增了一般认证企业也需提交会计师事务所审计报告的要求；二是按照综合财务状况对企业进行考量，具体包括综合速动比率、现金流动负债比率、资产负债率、营业利润率、净资产收益率等财务状况。

目前，卓识软件的“智关通”系列关务内控管理系统已按照AEO新认证标准进行全面升级，可以满足加工贸易企业、一般贸易企业、供应链、报关行、物流公司在AEO认证方面的各类需求，通过与企业内部和海关系统对接，可以实现从原始采购单据到进口报关单到付汇单，从出库单到出口报关单到收汇单，从收发货单到转厂报关单的完整数据链管理，方便企业AEO穿行测试，同时也集成规范申报与复核流程。